El Consejo Científico aconseja y supervisa al Instituto Instituto IMDEA Software en todas la cuestiones científicas, incluyendo la preparación de los planes estratégicos anuales y plurianuales, la evaluación del rendimiento respecto a estos planes, la supervisión del proceso de selección y contratación, y la recomendación de promoción y criterio de permanencia (tenure) de sus investigadores, así como la propuesta de miembros científicos para el Patronato. El Consejo Científico incluye a los científicos del Patronato y a otros científicos de gran prestigio elegidos por el Patronato. La configuración actual del Consejo Científico es la siguiente: