El Instituto IMDEA Software es una fundación sin ánimo de lucro. Este estado legal confiere al Instituto IMDEA Software las garantías apropiadas para la gestión de fondos públicos manteniendo al mismo tiempo la simplicidad en los procedimientos administrativos y de contratación, tanto de investigadores como de personal administrativo, de las organizaciones privadas.
El Instituto IMDEA Software forma parte de IMDEA, los Institutos Madrileños de Estudios Avanzados, una red de centros de investigación internacionales localizada en la región de Madrid para la realización de investigación de excelencia en áreas de alto impacto económico.